蘑菇采后呼吸作用旺盛，在常温下很快开伞、褐变、变味、品质败坏，只能作短期贮藏。干制的蘑菇容易保存，但营养价值下降，加工处理不及时也会造成严重损失。因此，采后贮运销售及加工前需采取措施，以防蘑菇品质下降。
蘑菇贮藏的适宜条件为0℃和95%的相对湿度，蘑菇的失水与黑柄和开伞有关，用薄膜包装或保持相对湿度高于95%可减少失水。气调贮藏可抑制蘑菇褐变，控制在2～4%的氧和5～10%的二氧化碳有利于保持蘑菇的白色和延长贮藏寿命。采用盐水、柠檬酸、抗坏血酸、二氧化硫或蒸汽热处理均能钝化多酚氧化酶活性，防止酶促褐变；贮运中应避免用金属容器装菇，以防产生非酶促褐变。
常用贮藏及处理方法：
1、气调整藏
(1)自发气调：将蘑菇装在0.04～0.06毫米厚的聚乙烯袋中，通过蘑菇自身呼吸造成袋内的低氧和高二氧化碳环境。包装袋不宜过大，一般以可盛装容量2～4斤为宜，在0℃下5天品质保持不变。
(2)充二氧化碳：将蘑菇装在0.04-0.06毫米厚的聚乙烯袋中，充入氮气和二氧化碳，并使其分别保持在2～4%和5～10%，在0℃下可抑制开伞和褐变。
(3)真空包装：将蘑菇装在0.06～0.08毫米厚的聚乙烯袋中，抽真空降低氧含量，0℃条件下可保鲜7天。
2、冰藏法
在运输中加冰块使菇体降温，在包装容器内垫一层塑料膜，底部放4～6厘米厚的碎冰，在中部放置冰袋，四周放置蘑菇，装八成满时将四周薄膜向内折叠，膜上再盖厚约5厘米的碎冰，最后加盖运输。
3、缸藏法
在洗净的缸底部放3～4厘米深的冷水，上设木架，将蘑菇码在其上，然后用塑料薄膜封口，置于低温下贮藏。
4、药物处理
(1)盐水。蘑菇采后用0.6%的冷盐水清洗并浸泡10分钟，可起预冷和防止褐变的作用，沥干水分进行贮藏。若盐水洗后，再用0.1%抗坏血酸或0.1%柠檬酸漂洗后贮藏，效果更好。沥干，装入塑料袋中冷藏。
(2)焦亚硫酸钠。采后用0.02%焦亚硫酸钠洗去杂物，再放入0.05%的焦亚硫酸钠中半小时，清水洗净后，沥干贮藏，有很好护色作用。
5、辐照
γ射线辐照可防止鲜蘑菇变色，抑制呼吸和开伞，使用剂量为200～300拉德。
